農林中金・信農連・農協という3層のJAバンクは農業融資の担い手であり、その経営の健全性確保を目的に、農林水産省でも金融庁と連携してオンサイトの検査を行っている。JAバンクを取り巻く環境変化の中で、金利リスク管理の高度化、マネー・ローンダリング等の金融犯罪対策の徹底、組織の総合力を生かした農業融資の強化等が課題となっている。農林水産省では検査・監督を通じて、それぞれについて必要な対応を促していく。